با شکل گیری ریوها یک سازمان برای مدیریت ریوها و رهبری نینجا ها شکل گرفت. در هر ریو ۳ رتبه وجود داشت هر یک از این رتبه ها مسئولیت خاص خود را داشتند.در راس هر ریو یا همان مدرسه یک فرمانده یا رهبر وجود داشت که به او جونین junin می گفتند.

 به معنی مرد عالی رتبه می‌گفتند. یک جونین تمام فعالیتهای سازمانی ریو را تحت کنترل خودداشت.او در جایگاه یک رهبرنسبت به اتفاقات داخل ریو،نینجا های تحت کنترل خود و همچنین محیط پیرامون خود کاملا مسلط و آگاه بود.تصمیمات یک جونین بر پایه درک صحیح از محیط پیرامون خود و منافع ریو بود. جونین اغلب ناشناس بود و با این کار ریسک آسیب پذیری برای او توسط نیروهای دشمن و یا لو رفتن توسط نیروهای خودی به پایین ترین حد خود می رسید به این ترتیب تقریباً غیر ممکن بود که وقتی یکی از نیروهای تحت کنترل او مورد شکنجه و یا بازپرسی قرار بگیرد هویت او را فاش کند و یا حتی برای منافع مالی هویت او را به سازمان رقیب بفروشند. یکی دیگر از سیاست‌های عملیاتی جونین استفاده از چند نیرو برای عملیات ها بود تا بدین ترتیب از احتمال تقلب توسط یکی از نیروها جلوگیری کند و همچنین خود این نیروها از یکدیگر جاسوسی می کردند و همین موضوع بود که باعث می‌شد احتمال موفقیت عملیات بسیار بالاتر برود یا حتی اگر یکی از نیروها موفق به انجام عملیات نشد،لو رفت و یا کشته شد بقیه افراد آن عملیات را به سرانجام برسانند.جونین بود که تصمیم می گرفت یک عملیات به چه صورت انجام بگیرد چند نفر در این عملیات حضور داشته باشند و در چه زمانی و چه مکانی این عملیات انجام شود از چه ابزارهایی برای آن ماموریت استفاده شود.در واقع جونین ها با استفاده از اطلاعاتی که جاسوسان برای او جمع آوری می کردند دست به چنین اقداماتی میزد.